Hüdrobioloogia ja märgalade töörühm teeb tihedat koostööd Eesti Mereinstituudiga (EMI), eriti selle kalabioloogia ja kalanduse osakonnaga, korraldades hüdrobioloogia ja kalanduse alast bakalaureuse- ja magistriõpet ning valmistades ette potentsiaalseid doktorante ka EMI-le. Vastavalt ÖMI ja EMI koostööleppele osutab zooloogia osakond ka EMI doktorantide õppetöö korraldamise teenust. Töörühm teeb tihedat koostööd ühisjuhendamiste kaudu ka Eesti Maaülikooli limnoloogiakeskusega.