Kuigi LR õppetooli "kuulumisel" on põhireegel sama, mis teisteski ÖMI õppetoolides (s.t kui juhendaja -- töötaja või doktorant -- kuulub LR õppetooli, siis kuulub sinna ka juhendatav), on siin kolm sagedast korralduslikku erijuhtumit, mil juhendaja töötab mõnes teises LOTE üksuses. Pangem tähele, et kui juhendaja tuleb väljastpoolt LOTEt, siis peab zooloogia osakonnas stuudiumi läbimiseks olema siit kaasjuhendaja.
Esiteks on LR õppetooli looduskaitsebioloogia töörühm osakondadevaheline ning leidub olukordi, kus botaanika osakonda kuuluv juhendaja juhendab zooloogilist või zoo-hüdrobioloogilist teemat (on ka vastupidiseid olukordi, mis rakenduvad siis täpselt vastupidi). Osakonnajuhatajate kokkuleppe kohaselt saavad need inimesed kaitsta oma kraadi zooloogilisele sisule vastavalt LR õppetoolis, kus sel juhul toimuvad ka eelkaitsmised. Erialaainete läbimise osas (kumma osakonna programmi järgi neid läbida) on põhimõtteliselt võimalikud mõlemad variandid ning see tuleks üliõpilasel ja juhendajal esmalt omavahel kokku leppida ja sellest informeerida ka õppetooli juhatajat. Enamasti on loogiline valida eriaalaained kaitsmiskohale vastavalt -- kui selleks on zooloogia osakond, siis oleks tegemist ka sealsete erialaainetega ning vastavalt kuulumisega LR õppetooli. Võib siiski juhtuda, et zooloogilist tööd tegeval juhendataval on vaja teha spetsiifilist ja nii tihedat praktilist ja seminaripõhist koostööd oma juhendajaga botaanika osakonnas, et tal on otstarbekas läbida eriaalaained botaanika osakonna nõuete kohaselt. Ka neist juhtudest palun LR õppetooli informeerida! Ehkki me ei arvesta viimatimainitud inimesi otseselt LR õppetooli koosseisu, on nad hõlmatud meie kirjalisti ning palun neil LR õppetooli moraalselt toetada ja meid oluliste sündmustega kursis hoida -- et meil oleks ikka motivatsioon ka kaitsmisprotseduur kenasti läbi viia.
Teiseks kaitsevad Kõik Eesti Mereinstituudi doktorandid oma kraadi LR õppetoolis ning siin toimub nende eriaalaainete punktiarvestus. Vastavalt tuleb oma eriaalaainete läbimisel lähtuda õppetooli poolt kehtestatud reeglitest, mille osas on kontaktpersooniks Taavi Virro. Ka teilt ootab LR õppetool moraalset tuge, suhtlust ja koostööd, et stuudiumi läbimine oleks meeldiv meile kõigile!
Kolmandaks, väljastpoolt LR õppetooli juhendatud magistrantide puhul on oluline SISULINE mõistmine selle kohta, kus nad oma tööd kaitsevad ning selle KOKKULEPPIMINE juba varakult ka õppetooli juhatajaga. Üldjuhul on LR õppetoolis kõik need bioloogia õppekava zooloogia ja hüdrobioloogia suuna magistrandid, kes spetsialiseeruvad ihtüoloogia ja kalanduse suunale, ja need, kes hüdrobioloogia suuna piires ei tööta kitsalt botaanilise teemaga. Kõigil teistel juhtudel tuleks valik langetada kokkuleppel oma juhendajaga; loogilisimad LR õppetooli kuulujad on näiteks ökoloogia õppekava veekogude ökoloogia ja bioloogilise mitmekesisuse kaitse eriala magistrandid, kes ei tööta kitsalt botaanilise teemaga. Juhin tähelepanu, et õppetool tuleb zooloogia osakonnas ära näidata magistritöö juhendamise kokkuleppe vormil, mille esitamine on aluseks juhendaja ja teema kandmiseks ÕISi (sama protseduur on ka bakalaureuseüliõpilaste puhul).
Magistrantide eriaalaainetes (esiseminar; eripraktika) tuleks LR õppetooli magistrantidel, olenemata õppekavast, juhinduda magistritöö teemast ja valida üks järgmisest kolmest kombinatsioonist (suunast), kusjuures seminaridest on igal juhul kohustuslikud LR õppetooli seminarid:
* Eriseminar hüdrobioloogias + Erialapraktika hüdrobioloogias (tüüpiline hüdrobioloogia töörühmas ja EMIst juhendatud tööde puhul)
* Eriseminar ihtüoloogias ja kalanduses + Erialapraktika ihtüoloogias ja kalanduses (tüüpiline hüdrobioloogia töörühmas ja EMIst juhendatud tööde puhul)
* Eriseminar loomaökoloogias, Erialapraktika loomaökoloogias (tüüpiline looduskaitsebioloogia töörühmas).
Täiendavate küsimustega palutakse lahkesti pöörduda õppetooli juhataja Asko Lõhmuse poole